1950年以前
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阿里境内的古格王国遗址是阿里早期人类历史的遗存
“阿里”一词是藏语音译，意为“属地”、“领地”、“领土”等。直到9世纪初，这里仍称“象雄”（羊同、杨童）。在汉文史籍中，不同朝代对其称呼各异。
阿里古为藏族地区早期的“十三小邦”之一，汉族史籍称为“羊同”。羊同经过逐步发展，在约公元4-5世纪建立了象雄王国，鼎盛时将地域划分为上（内）象雄、中象雄、下（外）象雄，上（内）象雄即今阿里地区所辖范围。
在藏文古籍中，吐蕃王朝赞普之后裔来到这块原属象雄十八部的政治区域后，吐蕃王朝灭象雄王朝后改称纳里（阿里）[1]。
古格王朝在公元13世纪随吐蕃诸部一起归属元朝（1260-1368），统属于元朝在萨迦政权设立的“乌斯藏纳里速古鲁孙等三路宣慰使司都元帅府”，元代称“纳里速古鲁孙”，阿里地区的实际事务则由萨迦政权处理。
元朝称纳里速古鲁孙，明朝初年设羁縻性质的俄力思军民元帅府，后在古格王朝灭亡后一度被拉达克王国占领。[2]17世纪五世达赖建立甘丹颇章政权之后，拉达克战争后阿里地区逐步归入西藏噶厦政府管理，在清廷的扶持下，后又设立宗（相当于县）和管理阿里地区的总管——“阿里基巧”。明代所称的“俄里思”，到了清代方称“阿里”。下设6个宗，长官为世袭的宗本。
解放军进入阿里
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参见：西藏和平解放
1950年8月1日，中国人民解放军南疆军区独立骑兵师第一团保卫股长李狄三率领由该团第一连为进藏先遣连共138人从和田县普鲁出发，翻越昆仑山脉，挺进西藏阿里。8月29日，先遣连全员到达预定目的地：阿里地区改则县的扎麻芒保，开始好越冬准备。李狄三迫使阿里政府的噶本代表签订“五条协议”。1950年10月，先遣连后方供给线中断。李狄三鼓励部下自己动手，贮柴打猎。由于严重缺氧，先遣连干部战士普遍患上高山症，同时后方物资接济不上。1951年5月6日，独立骑兵师第二团副团长安志明率领的援藏后续挺进西藏阿里部队2个连及机关人员，共计280余人，从于田县普鲁出发，踏着李狄三先遣连的足迹，跋涉千余公里，于1951年5月28日全员到达扎麻芒保，与先遣连会师。会师当天李狄三病逝。李狄三与先遣连因高山症等原因牺牲的62人葬在阿里的扎麻芒保。安志明率部于6月5日从扎麻芒保出发，6月19日翻越东君拉达坂，1951年8月3日进驻阿里首府噶大克（今噶尔县昆莎乡南部），完成从新疆进入阿里的任务。1951年解放军入藏后，堆里噶本驻噶大克（即噶尔雅沙）。辖布达巴、日土、噶大克。
安志明率部进藏的同时，独立骑兵师第2团营长贺景福率1个骑兵连追击从新疆阿勒泰、青海柴达木等地逃入阿里地区的乌斯满部，1951年7月经扎麻芒保进驻日土宗。
1952年2月，以李狄三先遣连、安志明率的2个连、贺景福剿匪的1个连，共计4个连为基础，组建了中国人民解放军南疆军区“阿里骑兵支队”。支队长兼政委安志明，参谋长贺景福、政治处主任高峰。1952年10月组建“中共阿里地区工委”，书记由阿里支队领导兼任。首任工委书记安志明。
1954年设阿里总管，管辖仲巴洛强、普兰宗、札布让宗、达巴宗、日土宗、噶大克等宗溪。
设立人民政府
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1960年设阿里专区，专署驻噶尔昆沙（今昆莎乡噶尔新村)，原驻地噶尔雅沙镇改为噶尔县驻地。噶尔宗改为噶尔县（驻雅沙）；日土宗改为日土县；革吉改为革吉县（驻那坡，今革吉镇那坡社区）；改则改为改则县（驻隆仁，又称鲁玛仁波，今改则镇鲁仁社区）；仲巴洛强溪改为仲巴县（驻札东，又称老仲巴，今拉让乡玛永村）；普兰宗改为普兰县；札布让与达巴2宗合并设札达县（驻托林，今托林镇托林社区）。辖7县。
1962年将仲巴县划归日喀则专区。辖6县。
1962年中印战争，阿里支队是班公错以南的西线对印作战的主力部队。1966年6月6日总参通知新疆军区成立野战军某师，阿里支队编为该师某团。
1966年阿里专署迁驻狮泉河，噶尔县从噶尔雅沙迁驻噶尔昆沙（噶尔新村）（因民主改革时在昆沙设噶尔新乡乡政府，故昆沙又称噶尔新村）。
1970年阿里专区改为阿里地区，地区驻噶尔县狮泉河。由改则县的路南4区设立措勤县（驻门董，今措勤镇门东社区）。阿里地区辖噶尔（驻昆沙）、革吉（驻那坡）、札达（驻托林）、措勤（驻门董）、日土、改则（驻鲁玛仁波）、普兰等7县。
1979年3月7日复归西藏自治区领导。
1979年2月5日正式成立阿里地区行政公署。1987年噶尔县从噶尔昆沙迁驻狮泉河（实际1988年9月迁驻）
1997年地区行政公署驻狮泉河镇。辖噶尔、普兰、措勤、革吉、改则、扎达、白土7县。
2017年量子科学实验卫星计划升空，阿里设立量子科学实验卫星量子隐形传态实验站。[3]